محمد جعفری به عنوان کارگردان در برخی فیلمها مشارکت کرده است:
کریستین درباره آن است که: روایت کریستین را به تصویر کشیده که در نیمه دهه هفتاد شمسی و در چهل سالگی (که دیگر ساکن آمریکا شده و از زندگی مرفهی برخوردار است) در جستجوی هویت اصلی و خانواده بیولوژیکش، به تهران می آید و با همراهی یک وکیل و به کمک سازمان بهزیستی تلاش می کند تا آن خانواده را بیابد و در می یابد که نامی که بر او گذاشته بودند «نیره» بوده و چه بسیار هم بوده اند خانواده های فقیری که در آن دوران، دختران خود را در آن منطقه رها کرده و
... رفته بودند
کارت سبز درباره آن است که: اين فيلم در مورد مير حسين نوري، طلبه افغاني است كه به دليل نداشتن كارت سبز با مشكل اقامت در ايران روبروست و هيچ كشور غربي حاضر به دادن ويزاي اقامت به او نيست. در این فیلم محمد جعفری با عبدالرضا ساعتچی فرد همکاری کرده است.
لاله و لادن درباره آن است که: لاله و لادن، این فیلم روایت‌گر روزهایی از زندگی «لاله و لادن» دوقلوهای به هم چسبیده ایرانی است. «لاله و لادن بیژنی» دوقلوهای به هم چسبیده ایرانی بودند. این دو قل از ناحیه ی سر به هم چسبیده بودند و مشکلات و سختیه بسیار زیادی را در زندگی تحمل کرده اند. در این فیلم محمد جعفری با احمد صالحی, عباس باقریان همکاری کرده است.
ساحل اقیانوس آرام درباره آن است که: در ساحل اقیانوس آرام در لس‌آنجلس به ازاء هر سرباز آمریکایی کشته شده در عراق یک صلیب کاشته‌اند. به تعداد این صلیب‌ها هر روز اضافه می‌شود، چرا که جنگ بی‌حاصل آمریکا در عراق هنوز ادامه دارد. در این فیلم محمد جعفری با آذر مهرابی همکاری کرده است.
محمد جعفری به عنوان تدوینگر در برخی فیلمها مشارکت کرده است:
روز شغال. در این فیلم محمد جعفری با محسن مخملباف, سیامک سریع القلم همکاری کرده است.
دهکده ای که گم شد. در این فیلم محمد جعفری با محسن منوچهری, کوروش مذکوری همکاری کرده است.
