محمد خلیلی به عنوان بازیگر در برخی فیلمها مشارکت کرده است:
از صمیم قلب درباره آن است که: دكتر مهرداد قادري با دختر دلخواه خود ثريا اعتمادي كه خبرنگار خبرگزاري جمهوري اسلامي است ،ازدواج مي كند و دنيا، دختر همسايه، كه از كودكي با مهرداد بزرگ شده با اندوه بسيار در مراسم عقد مهرداد شركت مي كند. از طريق خبرگزاري به ثريا گفته مي شود كه براي تهيه ي خبر به بوسني هرزگوين برود. ثريا به رغم مخالفت مهرداد و مادرش به اين سفر مي رود. اما يك روز خبر مرگ ثريا به اطلاع مهرداد مي رسد و او دچار ناراحتي روحي مي شود
.... دنيا براي كمك به مهرداد بار ديگر وارد زندگي او مي شود و تلاش مي كند تا او را به زندگي اميدوار كند. مهرداد با دنيا ازدواج مي كند اما مدتي بعد ثريا كه به اشتباه تصور مي شد كشته شده به خانه برمي گردد و زماني كه درمي يابد مهرداد همسر ديگري اختيار كرده، خانه را با عصبانيت ترك مي كند. مهرداد به ثريا مي گويد كه به زودي از دنيا جدا خواهد شد و بار ديگر در كنار او زندگي خواهد كرد. دنيا در ملاقاتي با ثريا به او مي گويد كه از مهرداد باردار است، اما حاضر است به خاطر خوشبختي آن ها از او جدا شود. مهرداد در پي ثريا به هتل محل اقامت دنيا مي رود و پيش از آن كه وارد هتل شود آن ها را مي بيند كه در كنار يكديگر از هتل خارج مي شوند. در این فیلم محمد خلیلی با عسل بدیعی, شبنم مقدمی, سمیرا سینایی, ماهایا پطروسیان, فریبرز عرب‌نیا, جهانگیر میرشکاری, مهران ملکوتی, محمد مختاری, مجتبی رحیمی, کارن همایونفر, مهدی رجائیان, داریوش بابائیان, امیرحسین میرشکاری, مهین نویدی, بابک شعاعی, بهرام کاظمی, حسین خلیلی, رضا نامی, خسرو امیر صادقی, منوچهر علیپور, محسن دامادی, صبا آقاجانی, ثمره کریمی, روشنک یوسف زاده, امید آمری, مهدی فلاحتگر, الهام شاه نظری, مهران تاجیک, سعید قره خانی, عاطفه شهبازی, رزا خلیلی, اعظم شاه نظری, غزل کاظمی, مجید خمسه همکاری کرده است.
آوینار درباره آن است که: تیوای بشیر، قاطرچی پیر که آشنا به جاده‌های نرفته و پنهان است، این بار اجیر شده مرد زرگری است که در اثر بمباران شیمیایی نابینا شده است. زرگر به خاطر آنچه همراه خود دارد و نیز به خاطر عدم اطمینان به قاطرچی نگران است و این نگرانی با پیوستن عده ای دیگر از آسیب دیدگان فزونی می‌گیرد و این تازه آغاز سفری هولناک و ویرانگر است. در این فیلم محمد خلیلی با آزیتا حاجیان, حسین پناهی دژکوه, ملیکا شریفی نیا, مهدی فتحی, سیامک اطلسی, محمدرضا شریفی نیا, ایرج نوذری, انسیه شاه حسینی, محسن شاه‌ابراهیمی, مجید انتظامی, روح‌الله امامی, جلال معیریان, پرویز پورحسینی, مازیار پرتو, حمید طاعتی, شهرام اسدی, احمد کلانتری, علی‌اصغر احدی, فریده صابری, مهران روحانی همکاری کرده است.
سفر شبانه درباره آن است که: علي نوجوان ساكن بخش باهو در بندرگز، خبر ناپديد شدن پدر رزمنده اش را در جبهه مي شنود. مادر باردار علي با شنيدن اين خبر دچار بحران روحي مي شود و سلامت فرزند آينده اش به خطر مي افتد. پزشك حضور پدر را بالاي سر مادر ضروري اعلام مي كند و پدربزرگ علي كه سوزنبان قطار است، براي رفتن به آبادان به اميد يافتن پسرش مرخصي تقاضا مي كند. وقتي با تقاضاي مرخصي پدربزرگ به دليل نبودن جانشين موافقت نمي شود، علي شبانه سوار قطاري مي شود تا به آبادان برود. در راه مأموران قطار چند بار او را پياده مي كنند و به ايستگاه تحويل مي دهند؛ اما او هر بار مي گريزد و سرانجام با همراهي يك زوج پير به مقصد مي رسد. پس از مدتي جستجوي بي نتيجه علي را بار ديگر تحول راه آهن مي دهند تا با قطاري برگردانده شود. درراه قطار مورد بمباران نيروهاي عراقي قرار مي گيرد و علي از اين فرصت استفاده مي كند تا با يك وانت خود را به جاده آبادان برساند. اما جاده بسته است و اين بار او پنهاني سوار آمبولانسي مي شود كه راننده اش صالح نام دارد. صالح به علي كمك مي كند تا پدرش را كه به علت موج انفجار دچار فراموشي شده، در يكي از بيمارستان هاي تهران پيدا كند. هنگام بازگشت با قطار، علي عكس هاي خودش را به پدر نشان مي دهد و با نشان دادن قرقره اي كه او قبلاً برايش خريده بود، سبب مي شود پدر او را بازشناسد. در این فیلم محمد خلیلی با جعفر بزرگی, جهانگیر میرشکاری, علیرضا زرین‌دست, صمد تواضعی, خسرو معصومی, احمد صالحی, راضی امیری, مجتبی برهانی زاده, سپیده حسینی, داوود موثقی, اقدس صحت بخش, امیر حمزه گرجی نژاد, ناصر شکرایی, رسول بهارنگیز, اردشیر شلیله, اسفندیار ابراهیمی, ولی الله عمرانی, علی‌اصغر اسحاقی, جلال فرزاد, امیر گرجی, رضا خیرخواه, علی مجلسی, علی معصومی, داود ناظمی, محمدرضا پورصمیمی, شبنم زندی, مهناز یعقوبی, مجید زارع کار, علی حقیقت, محمدعلی حسینی همکاری کرده است.
