محسن بابایی به عنوان بازیگر در برخی فیلمها مشارکت کرده است:
هراس درباره آن است که: مسئولان یک سفارت خانه عربی کیفی محتوی اسناد محرمانه را به ایادی داخلی دشمن تحویل می‌دهند تا از مرز خارج کنند. کیف به دست نیروی انتظامی می‌افتد و پس از کشف رمز روشن می‌شود که دشمن قصد دارد یکی از روستاهای مرزی را بمباران شیمیایی کند. یک گروه تجسس برای پیگیری ماجرا به کردستان اعزام می‌شود و با راهنمایی یک مرد مسلح محلی عملیات تجسسی را آغاز می‌کنند. اما روستا بمباران می‌شود و عده زیادی از اهالی کشته می‌شوند. افراد دش
...من سر می‌رسند و با نیروهای تجسس درگیر می‌شوند. قوای کمکی از راه می‌رسد و دشمن نابود و تارانده می‌شود. در این فیلم محسن بابایی با اردلان شجاع کاوه, جعفر دهقان, شهریار بحراني, اردشیر ایران نژاد, احمد میرعلایی, حسن کلامی, عطاءالله سلمانیان, فرامرز شهنی, بهروز شهامت, محمدتقی پاک‌سیما, مجید انتظامی, محسن روشن, حمید قدیریان, علی غفاری, اکبر آبدیده, حبیب الله رجبعلی, محمد رضا آهنج, فرید کشن فلاح, علی توکلی, احمد عزت‌پور, اکبر منصور فلاح, روح‌الله برادری, علی‌اکبر جوادی, زهره زارعی, علی یزدانی, رحیم بابایی, کاظم حقیقت جو, فیروز لطفیان, علی ذاکری, قاسم غلامی, محمدحسین پناهی, قاسم گلمکانی, محمد غلامی, محمدرضا اسلاملو, احمد منتجبی‌ها, ابوالفضل کشیری همکاری کرده است.
محسن بابایی به عنوان چهره پرداز در برخی فیلمها مشارکت کرده است:
فرزند خاک درباره آن است که: «مینا» پس از روزهای طولانی انتظار درمی یابد که مسافر گم شده اش، در دیاری غریب چشم انتظار اوست، او به اتفاق یک قاچاقچی و یک بلد راه به نام «گونا» که کردی عراقی است، به جستجوی جسد شوهر شهیدش در کردستان عراق می رود. گونا، که باردار است، معهذا برای تأمین معیشت خانواده ی پرجمعیتش، همواره در تلاش است، او بقایای اجساد شهدای جنگ را یافته و در مرز تحویل داده و کمک و پاداش دریافت می کند. «مینا» از طریق او به محل دفن همسرش آگاه می گردد و در طول سفر، نوعی رابطه ی عاطفی بین آن دو ایجاد می شود. وقتی گونا، می فهمد که یافتن جسد یک خلبان، بسیار بیشتر از معمول، برای او پاداش خواهد داشت، به رغم احوال نامناسب و وضعیت جوی نامساعد راهی کوهستان می شود. مینا نیز در آخرین لحظه با او همراه می شود. آن دو جسد خلبان شهید را می یابند، اما گونا گرفتار درد زایمان شده و در می گذرد و ... حالا برای مینا رساندن جسد خلبان به وطن، عین یافتن جسد همسرش مهم است... در این فیلم محسن بابایی با شبنم مقدمی, حمید ابراهیمی, علا محسنی, قاسم زارع, مهتاب نصیرپور, احمد میرعلایی, عباس رستگار پور, محمدعلی باشه آهنگر, علیرضا زرین‌دست, محمدرضا گوهری, عباس بلوندی, مهدی حسینی وند, آریا عظیمی نژاد, فائق محمدی, آذر رجبی, جلیل محمدویسی, عباس قلیچ‌لو, نادیا راوندی, نسیم رمضانی, عطیه فدوی, محمود موسوی نژاد, آرش فرد, پریا نجمه روشان, حسین باشه آهنگر همکاری کرده است.
رد کارپت درباره آن است که: رضا (رضا عطاران) هنروري است که روياي سفر به کن و ديدار با بزرگان سينماي جهان را دارد، وي به فرانسه سفر مي کند تا با استيون اسپيلبرگ يا وودي آلن ملاقات کند و فيلمنامه اش را به آنها بدهد. در نهايت رضا که توسط يک هموطن سرمايه اش را از دست داده تنها و درمانده بدون اين که به اسپيلبرگ دسترسي پيدا کند در آرزوي بازگشت به ايران در گوشه اي از کن به انتظار مي ماند. در این فیلم محسن بابایی با رضا عطاران, حسین سلیمانی, امیر نوری, علی سرتیپی, سعید احمدی, احمد احمدی, محمد توکلی, حمیدرضا صدری, کیوان مقدم, ماجین موسوی, جمال هاشمی, سوسن پرور همکاری کرده است.
استرداد درباره آن است که: این فیلم به موضوع طلب یازده تن طلای ایران از شوروی می‌پردازد که قرار بود توسط شوروی بابت بدهی از جنگ جهانی دوم به ایران داده شود و مربوط به مقطع زمانی ۱۳۳۲ است. این فیلم یک درام تاریخی دربارهٔ وقایع جنگ جهانی دوم و مسائلی است که پای نیروهای متحدین و متفقین را به ایران باز کرد و در آن به ماجرای پرداخت غرامت به ایران اشاره می‌شود در این فیلم محسن بابایی با احمد نجفی شوشتری, حمید فرخ نژاد, محمود کلاری, فرهاد قائمیان, ایرج رامین فر, صالح میرزا آقایی, شیرین یزدان بخش, محمدرضا دلپاک, بهرام دهقان, ستار اورکی, علیرضا طالب‌زاده, بهنام تشکر, علیرام نورائی, حسن زاهدی, علی غفاری, محسن علی اکبری, آلسا کچر, الکساندر ناوانوف, مهدی رضازاده, علی حمیدی, سیاوش چراغی پور همکاری کرده است.
جهنم سبز درباره آن است که: آقای حیدری كه شكاربان سالخورده منطقه جنگلی حفاظت شده است در یكی از گشت های خود به تعدادی از شكارچی های غیر مجاز برمی خورد و قصد مقابله با آن ها را دارد كه به قتل می رسد. الیاس شكاربان جوان كه داماد حیدری نیز هست نگران غیبت حیدری می شود و... در این فیلم محسن بابایی با میرمحمد تجدد, کامران باختر, جعفر دهقان, محمد ابهری, حسین ملکی, ایرج گل‌افشان, احمد احمدپور, بهرام دهقانیار, ناصر شاملو, روبیک منصوری, ولی‌الله مومنی, لیلا بوشهری, رضا صفایی‌پور, علی جاویدفر, محمد حسن خانی, هوشنگ نوری, امیر حسنی, غلامعلی رضایی, طاهره پویا, مسعود تکاور, بهروز صادقی, اسماعیل براری همکاری کرده است.
ناسپاس درباره آن است که: قبیله ای از یهودیان آماده می شوند تا یکی از دو پسر عمو به نام های عامیل و آشل با دختر زیباروی قبیله آنائل ازدواج کند اما یک قتل رخ می دهد و همه چیز را به هم می ریزد. در این فیلم محسن بابایی با الناز شاکردوست, لیندا کیانی, نیما شاهرخ شاهی, پوریا پورسرخ, حسن ایوبی, ستار اورکی, محمد شاهوردی, اصغر هاشمی, مونا بیگی, محمود موسوی نژاد, علیرضا درویش‌نژاد, مجید عبدالعظیمی, سید محسن جاهد, محمد ساربان, سیروس صابر, حسن هدایت, حمید شریف زاده, حسین اکبرزاده, خسرو دستگیر, رویا خلیل آذر, علی فرود, مجید واشقانی, بابک والی, لیلا خوش‌کنار همکاری کرده است.
دریاچه ماهی درباره آن است که: این فیلم نگاهی به وقایع پس از جنگ ایران و عراق دارد و داستان چند خانواده را روایت می‌کند که در نقطه مشترکی به یکدیگر می‌رسند و در این میان عشق گمشده‌ای پیدا می‌شود. در این فیلم محسن بابایی با لاله اسکندری, ستاره اسکندری, نادر فلاح, علی دهکردی, افشین هاشمی, سعید سعدی, مصطفی رستگاری, آرش معیریان, رضا تهرانی, حدیثه تهرانی, مریم دوستی, کاوه احمدی, مهرداد جلوخانی, مجتبی پیرزاده, علی فرهادی, آزاده قوام, صحرا اسداللهی, میثم ماهان, کیان مقدم, حسین باشه آهنگر, حسن نجاریان, امین مرادی راد, مرتضی خان محمد همکاری کرده است.
سایر فیلم ها عبارتند از:
پرونده‌ای برای سارا, توفیق اجباری, وقت چیدن گردوها, سرو زیر آب, طلاقم بده به خاطر گربه ها, بهشت گمشده, بدون اجازه, بچگیتو فراموش نکن, چشم, چراغ قرمز, مرثیه برف, وعده دیدار, جوجه اردک من, نیمه گم شده, تنگنا, سوار در باران, نزدیکتر از آشنا, یکی بود یکی هست, شیپورچی, ناشناس, پهلوان هرگز نمی میرد
